Num futuro próximo, monstros misteriosos começam a surgir na Terra. Para conter essa ameaça, é formada a organização TLT (Terrestrian Liberation Trust), que dispõe de fundos e tecnologia interminável para lidar com esse tipo de ameaça. Dentro da TLT existe uma equipe de elite especial chamada Night Raiders, pessoas que efetivamente vão a campo deter os monstros. Komon Kazuki é um ex-membro de uma equipe de resgates que acaba sendo recrutado para participar dessa organização secreta. Porém, no dia de sua chegada ele se depara com o ataque de um dos monstros e é salvo por um gigante de luz prateado, que ele batiza como Ultraman. A identidade do gigante é, na verdade, Jun Himeya, um ex-fotógrafo que decide proteger o mundo depois de presenciar os horrores da guerra e perder a fé na humanidade. Ele é um "Dunamist", uma pessoa que tem os requisitos para receber a Luz e se tornar um Ultraman, tendo sido escolhido para tal missão após encontrar as ruínas espaciais na África. Para minimizar os danos aos inocentes, Ultraman Nexus envolve ele e seus inimigos no Meta Field, um campo de força que fica numa dimensão paralela, evitando que a destruição chegue ao mundo real.